Koning Willem I vond in 1814 (naar Frans voorbeeld) dat de Joden in zijn koninkrijk zich moesten verenigen in één organisatie. Tot die tijd had iedere Joodse Gemeente nog een grote bestuurlijke autonomie, maar dit veranderde in de loop van de negentiende eeuw als gevolg van de Verlichting. In plaats van vreemdelingen werden Joden Nederlandse burgers en voor de wet gelijk aan de Christelijke mede-burgers. De zittende macht beschouwde Joden officieel niet langer als een apart volk, maar als burgers van de Israëlitische godsdienst. Het chique begrip Israëlitisch moest ook iets verhullen: ´Joden´ was toen zo’n gangbaar scheldwoord dat sommige mensen tot op de dag van vandaag van ´Joodse mensen´ spreken, om te benadrukken dat het hier echt om mensen gaat. De term ‘kerkgenootschap’ is uiteraard niet van Joodse oorsprong. Het woord ‘kerk’ moet niet geïnterpreteerd worden als het specifiek christelijke gebedshuis maar als gebedshuis in het algemeen, in dit geval dus de Joodse of Israëlitische kerk.

Tussen 1814 en 1871 waren de Portugese en de Hoogduitse Joden, door de overheid verplicht, in één organisatie, het Israëlitisch kerkgenootschap, ondergebracht. In 1848 trad een nieuwe Grondwet in werking en moest het kerkgenootschap, dat door willem I was opgericht, opnieuw worden georganiseerd. Het duurde tot 1871 tot het reglement tot stand kwam, door geruzie over de vraag of het hoofdbestuur in Amsterdam moest zetelen of in Den Haag. Bovendien wensten de Portugezen zich niet in te laten met hun broeders die vanover de oostgrens zich in Nederland hadden gevestigd. Daarom kregen de Portugezen in 1870 hun eigen club: het PIK, het Poprtugees-Israëlitisch Kerkgenootschap. Zo werd het NIK een Asjkenazische koepelorganisatie. Asjkenazische Joden komen uit West-, Midden en Oost-Europa.

Op haar hoogtepunt in 1877 telde het NIK maar liefst 176 Gemeenten. Steeds meer Joden migreerden echter naar de grote stad. Voor de oorlog was het aantal Joodse Gemeenten daardoor al teruggelopen tot 139.

Nu zijn er nog 26 NIK-gemeenten: Amsterdam, Rotterdam, Den Haag en 23 kleinere gemeenten. De jongste Joodse Gemeente werd in 1997 gesticht in Almere.